A la suite du braquage d'une banque, Michael Scofield se fait arrêter. Conduit au tribunal, il n'essaye même pas de se défendre bien que son avocate, Veronica Donovan, lui demande de se battre. Condamné à une peine de 5 ans, Scofield semble satisfait et est conduit à Fox River, la prison située à quelques kilomètres de Chicago. Arrivée là-bas, il découvre vite l'univers carcéral et retrouve son frère, Lincoln Burrows, condamné à mourir sur la chaise électrique dans seulement un mois...